環保署爲確保全國土壤及地下水環境永續安全，於101年辦理生達化學制藥股份有限公司二廠土壤及地下水污染調查工作，發現地下水受含氯有機溶劑污染。臺南市環保局依土壤及地下水污染整治法規定，101年7月6日公告爲地下水污染控制場址，歷經相關調查及應變必要措施，環保署於103年1月27日公告爲整治場址。
臺南市環保局要求該公司提出整治計劃，歷經六年致力污染改善，期間由環保局邀集專家學者定期召開會議，監督整治計劃進度，109年12月經環保局進場驗證，結果顯示地下水污染物濃度已低於管制標準，故解除地下水污染整治場址列管。
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環保署強調，工廠周遭環境保護極仰賴業者善盡社會企業責任及義務，做好相關生產設施及污染防制設備保養維護工作，降低環境污染的機率。透過環保單位嚴謹把關整治進度，業者落實污染整（防）治工作，纔能有效完成改善，如期復原土地環境，維護國民健康。